慢性非感染性腹瀉
腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎、營養不良、內分泌疾病、肝硬化、尿毒症、過敏性疾病、癌症等，都可以導致慢性腹瀉。
對非感染性的腹瀉、腹痛，黃連素是毫無作用的。像常見的過敏性蕁麻疹胃腸型，如果不採取解除過敏綜合治療，僅用黃連素是控制不了腹瀉的。而腸易激綜合徵的患者，在吃2~3片黃連素後，腹痛、腹瀉常常會消失，但這並非黃連素的功勞。
因爲腸易激綜合徵是可自行緩解的疾病，但又是反覆發病難以根治的病症，其腹瀉症狀的消失，與吃黃連素無關。
在日常生活中，有人爲了避免腹瀉，在外出吃飯、遊旅之時，提前吃上幾片黃連素，這種做法並不妥當。因爲這樣做，可以說是一種對細菌的“挑逗”行爲，會讓細菌產生耐藥性。而且預防的劑量通常都不會太大，細菌在與藥物抵抗中容易“獲勝”。如果經常這樣“鍛鍊”細菌，只能使細菌“抵抗”經驗豐富，由弱變強，有害無益。
黃連素口服後，只停留在腸道內不被吸收，故不良反應很小。有科學家曾給小鼠按每千克體重8克的用量服用黃連素，24小時後尚有半數存活。如果換作60千克的人，相當於每天吃上接近250克黃連素。
當然，“是藥三分毒”，口服黃連素後也可能會產生噁心、嘔吐、皮疹和藥物熱等不良反應。而且，由於黃連素具有一定的固澀止瀉作用，有的人在服用黃連素之後腹瀉可能是止住了，但繼之又發生了便祕。另外，經常服用黃連素易產生耐藥性，不僅不能消除腹瀉、腹痛，甚至還會加劇腹瀉、腹痛，以及其他一些想避免卻又忽視了的不良反應。
