奧美拉唑是一種新型胃酸分泌抑制劑，對各種刺激引起的胃酸分泌都可產生抑制作用。由於其療效顯著、複發率低、應用方便等特點，臨牀廣泛用於治療消化道潰瘍等疾病
因此，造成與其他藥物聯合用藥的概率也增加。由於該藥可能會使其他藥物的作用增強或減弱，因此要注意配伍變化。
服用三唑侖、勞拉西泮或氟西泮期間，口服奧美拉唑可致步態紊亂，停用一種藥即可恢復正常。服用奧美拉唑一週後，可使單劑量注射地西泮（安定）的清除率降低54%（代謝酶抑制），血藥濃度升高。大劑量奧美拉唑（40毫克/天）可抑制苯妥英鈉代謝，使其清除率下降。
奧美拉唑使地高辛較少轉化爲活性物降低療效。
因此，服用奧美拉唑及其停藥後短時間內不宜應用地高辛。如果兩者必須合用，一定注意地高辛的給藥劑量和監測血藥濃度，以免導致地高辛的不良反應發生。
受奧美拉唑抑酶作用的影響，同服硝苯地平的半衰期延長，藥理作用增強，聯用時後者應減量。
蒙脫石、果膠鉍、鋁碳酸鎂對奧美拉唑腸溶片和腸溶膠囊都有程度不等的吸附作用。因此，奧美拉唑與這些藥物合用時，要儘量分開服用，以提高療效。
奧美拉唑可提高胰酶生物利用度，增強療效。兩者聯用對胰腺囊性纖維化頑固性脂肪瀉及小腸廣泛切除術後功能性腹瀉有較好療效。
奧美拉唑與茶鹼合用，一般單劑量的奧美拉唑對茶鹼代謝無影響。但個別患者奧美拉唑血濃度高時，可加速茶鹼的代謝和清除。
