肛瘘的初期症状：
疼痛：瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
流脓：脓液的多少，因瘘管的长短、大小而不同。新生成的肛瘘流脓较多，脓稠，味臭，色黄，以后逐渐减少，时有时无，呈白色，质稀淡。如忽然脓液增多，表示有新瘘管生成。有时外口暂时封闭，流脓停止，体温上升，局部肿胀，再度形成脓肿。封闭的外口再穿破或形成另一新外口，又有脓液流出。内外瘘粗大者，有时粪便和气体由外口流出。
可见全身症状：一般肛瘘常无全身症状，但复杂性肛瘘和结核性肛瘘，因病期长，有的带病数十年，常出现身体消瘦、贫血、便秘和排便困
