根据肛窦肛腺感染学说，肛腺感染是疾病发生的主要原因，肛腺上皮残留可导致肛瘘的不愈和复发。内口及其瘘管周围硬化、炎性组织在手术中若不彻底清除，容易促使术后创面愈合不良或创VI裂开。
内口不除则肛瘘不愈。复发，理论上讲即又有感染的内口存在。经临床观察，复发有以下情况值得重视：肛周脓肿或肛瘘本身确是一个内口，但处理时不够彻底，导致复发，或虽然处理正确，但术后齿线下主切口处理不恰当，引流不畅，炎症又波及原内口周边肛窦，形成新的“内口”，导致复发;或者本身就是一个肛腺有多个肛窦出口，或多个肛腺一个肛窦开口，导致处理时不充分、不彻底而复发。对于这一问题，临床上我们采用在切开内口时，同时将内口周边黏膜及可疑肛窦一并结扎、切除，扩大内口处理范围。对术后创面应仔细观察，发现异常情况应尽早触摸主切口附近齿线处，发现凹陷感等肛窦应及时切开引流，这有助于提高治愈率，减少复发。
