1、手术时没有准确地找到内口，或处理内口不正确，造成了假内口;或即使准确找到内口，但未彻底清除感染的肛窦，肛腺及内括约肌的原发病灶，也可导致愈合不佳。
2、窦道尚未形成时急于手术，使炎症扩散，形成新的窦道和脓腔而影响愈合。
3、因瘘管弯曲，术中造成假瘘道或瘘管被残留，或瘘道内的坏死组织搔刮不干净，造成创伤口难以愈合和复发。
4、伤口缝合时留有间隙或死腔，或缝合张力过大。
5、创口内留有异物，如线头，棉絮等，被周围肉芽组织包埋，影响创口正常生长愈合。
6、病人体质过分虚弱或伴有糖尿病，肺结核，白血病或贫血等慢性疾病，使创面长久难以愈合。
为了预防上述情况的发生，术中要彻底清除病灶，以及消除不利于创面愈合的种种因素，术后预防伤口感染，可连续使用抗生素一周，同时要保持创口引流通畅，另外还要注意全身情况，积极治疗基础疾病，方能使肛瘘顺利愈合。
