1、系统治疗
1）西医：抑制病毒繁殖，调节机体免疫力：泛昔洛韦、多抗甲素片、左旋咪唑、干扰素等。
2）中医：根据分型辨证施治。
2、局部治疗
1）局部外用药：如：0.1％维甲酸软膏、鸦胆子仁、搽肽丁氨，少量的PXP元素疣邦或5-氟尿嘧啶软膏、疣必治、阿昔洛韦软膏、板兰根注射液外涂等，治疗方法较多，有时效果并不明显。
2）物理疗法：液氮冷冻、CO2激光、微波、光动力、电离子需在专科医师指导下进行 。可外，每日2-3次，后者容易造成色素沉着，对颜面部的扁平疣一般不宜使用，可选用，最好轻擦皮损处呈红色再涂效果显著。
3) 外用生物制剂，免疫调节剂等，
此外，个别医院采用自体疣免疫疗法，这种治疗法缺乏大样本临床资料，对免疫低下的扁平疣患者安全性没有得到证实，有可能造成全身泛发以及手术造成其它感染，因此要谨慎使用！
