通知要求，各省(區、市)均抽取20%的縣(市)參加評估。參評縣(市)名單由衛生部專家組以分層隨機抽樣方式確定，即將各省(區、市)所轄縣(市)按經濟社會發展水平分爲上、中、下3層，再從各層中隨機抽取20%的縣(市)作爲參評縣(市)。
通知要求，各省(區、市)衛生廳局依照衛生部制定的評估表，結合本省(區、市)初級衛生保健規劃，負責組織實施。由參評縣(市)填報數據，數據主要從參評縣(市)現有統計報表和日常工作狀況中提取，對個別指標輔以必要的專題調查，由省級衛生行政部門彙集參評縣(市)數據並審覈後報我部。衛生部專家組將負責抽樣複覈，抽樣複覈工作另行安排。
通知還要求，省級衛生行政部門要結合《綱要》實施情況，形成總結報告，報告應當包括開展農村基本醫療衛生工作的特色做法、存在的問題及下一步工作建議。
