習慣性流產的原因主要有以下幾個方面。
1)情緒急驟變化：孕婦的情緒受到重大刺激，過度悲傷，驚嚇，恐懼，及及情緒過分激動，可引起孕婦體內環境失調，促使子宮收縮引起流產。
2)胚胎髮育不全：孕卵異常是早期流產的主要原因，在妊娠頭兩個月的流產中，約有80%是由於精子和卵子有某種缺陷，以致使胚胎髮育到一定程度而終止，因此，這種流產的排出物中，見不到原始的胚胎組織。
3)內分泌功能失調：受精卵在孕激素作用下，才能在子宮壁上着牀，生長髮育成胎兒。當體內孕激素分泌不足時，使子宮蛻膜發育不良，從而影響受精卵的發育，容易引起流產。如果前列腺素增多，會引起子宮肌肉的頻繁收縮，也會導致流產。甲狀腺功能降低，可使細胞氧化能力障礙，進而影響胚胎的生長髮育而流產。
4)胎盤發育不良：胎兒在母體內生長髮育，主要通過胎盤將母體的營養物質和氧輸送到胎兒，如果胎盤發育不良或出現疾病，胎兒得不到營養物質和氧而停止生長引起流產。
5)母兒血型不合：孕婦過去曾接受過輸血，或在妊娠過程中產生和血型不合的致凝因子，會使胎兒的體內細細胞發生凝集和溶血，從而引起流產。
6)生殖器官疾病：子宮頸機能不全症;子宮異常，包括子宮發育異常、畸形、明顯的子宮異位、子宮粘膜下肌瘤、宮腔粘連等。
習慣性流產病因較複雜，患有這方面疾病婦女，應到醫院做全面系統檢查。
一次流產後，尤其是卵巢功能障礙及子宮發育不全婦女，最好經過3個正常月經週期後再受孕，以便有足夠時間恢復體內激素和子宮內膜功能。
