A．陰莖缺如：
陰莖發育障礙而缺如，但陰囊、睾丸發育正常，由於陰莖缺如，尿道常開口於會陰部、肛門或直腸內，因此排尿方向方向發生改變，當然就更不能進行性交活動。
B．潛伏陰莖：
陰莖被陰囊、會陰部、恥骨部及大腿內側皮下脂肪組織掩蓋，而陰莖又短小，很易誤診爲陰莖缺如症，但隨着發育，皮下脂肪減少，陰莖可顯露。潛伏陰莖多數合併泌尿系統畸形，需進行手術治療。
C．陰囊後陰莖：
陰莖位於陰囊後側（肛門側），多數合併泌尿系統畸形，需作手術治療。
D．雙陰莖：
顧名思義是具有二隻陰莖，雙陰莖可有左右排列的，也有前後方向排列的，雙陰莖有陰莖完整分成兩個的，也有從陰莖根部分成兩個的，也有從龜頭分成兩個的。雙陰莖多數合併泌尿系統畸形，需作矯形手術。
E．先天性陰莖扭轉症：
陰莖在縱軸90～180度旋轉或左右旋轉，通常向左旋轉佔80%，向右旋轉佔20%，陰莖扭轉易合併陰莖異常勃起，勃起不適或隱痛等症狀。
F．先天性陰莖彎曲症：
多數合併泌尿系統畸形，若不影響性交和排尿一般不作治療，否則需作手術治療。
