2011年1月11日，深圳壹基金公益基金會在深圳宣佈轉型公募成功之際，中國紅十字會新聞發言人王汝鵬在官方網站發佈消息稱：掛靠在中國紅十字會下的李連杰壹基金專項計劃將中斷。
王汝鵬指出，中國紅十字會和李連杰先生於2007年共同倡導發起“壹基金計劃”，三年多來，募集捐款1.9億多元，資助支出1.4億多元，爲促進中國公益事業的發展作出了積極貢獻。
但李連杰在深圳獲准登記的壹基金公益基金會是一傢俱有獨立法人地位的公募基金會，它與中國紅十字會沒有隸屬關係。隨着深圳壹基金公益基金會的正式成立，中國紅十字會同意“壹基金計劃”管委會提出的有關申請，支持該基金會繼續傳承和發展“壹基金”的公益理念，實施和管理該基金資助的公益項目。
他指出，紅十字會將根據壹基金管委會的申請，成立清算小組。清算完成後，中國紅十字會李連杰壹基金計劃將終止實施。除了通過紅十字會系統實施的項目，該基金終止前資助的公益項目，將交由深圳壹基金公益基金會繼續實施和管理。
王汝鵬表示，壹基金計劃實施以來，總體運行良好，社會影響力不斷擴大。中國紅十字會將一如既往，繼續關注和支持深圳壹基金公益基金會的健康發展。
“李連杰壹基金計劃”與中國紅十字總會合作，作爲其架構下獨立運作的項目，2007年4月19日在北京正式啓動。以壹基金名義籌得的善款全部進入中國紅十字會總會的專屬賬戶。
但原壹基金執行主席周惟彥在接受媒體採訪時表示，儘管紅十字會努力配合，壹基金和紅十字在發展理念、體制機制中存在“衝突和不同”（詳見財新傳媒《新世紀》週刊報道“壹基金 中斷 風波”）。2008年10月，非公募基金會 上海李連杰壹基金公益基金會註冊成立。
從2009年起，壹基金成立公募籌委會，實施公募申請，但進展並不順利，壹基金公募籌委會最初在民政部申請註冊，2010年12月3日獲得深圳市批准。
目前，深圳壹基金公益基金會的法人代表由著名經濟學家、北京大學國家發展研究院院長周其仁擔任，祕書長爲阿拉善SEE生態協會祕書長楊鵬。王石、馬化騰、馬雲、馮侖、柳傳志等人爲理事會成員，李連杰爲“永久理事”。
