肛瘻是由於肛腸部位受到感染，由肛竇炎等炎症引起，由內而外發病。在發病初期，肛周部位可見膿包，叫做肛周膿腫，肛周膿腫破潰後，皮下組織形成纖維化的瘻管，就是肛瘻。
肛瘻形成是怎麼回事？
第一個階段：肛隱窩、肛門瓣感染髮炎。開始僅限於局部的炎症，這時若未能及時治療，炎症會向肛門周圍蔓延。
第二個階段：炎症從局部的肛隱窩和肛門瓣開始，逐漸蔓延擴散，形成肛門直腸周圍炎。假如炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的組織間隙之中。
第三個階段：鑑於肛門直腸周圍組織間隙的抗病能力下降，便成爲病菌入侵、擴散、積聚繁殖的地方，致使這裏的組織容易感染髮炎，正不勝邪，而形成肛門直腸周圍膿腫。若肛門直腸膿腫在早期能夠處理得當，往往可使膿腫消散治癒，不遺留後遺症;如延誤早期的治療時機或處理不當，組織壞死膿液可順其局部間隙擴散，使病情加重複雜化，因此應儘早手術切開引流，使膿液排泄，控制炎症發展。
第四個階段：肛門直腸周圍膿腫自行破潰或經切開引流換藥處理後，膿腔雖逐漸縮小，但潰瘡卻久不收口，這時腔壁已形成結締組織增生的堅硬管道壁，中間遺留之空隙，這就是瘻道，膿液經常順從瘻道流出，反覆感染，反覆發作，經久不能自愈，而成爲瘻管。
肛瘻不及時治療的話會對人體造成四方面的危害：
一、感染流膿：肛瘻一旦形成，自愈的機會極少，並帶來一系列的危害。首先肛瘻感染髮炎後，肛門疼痛劇烈，潰破後膿水污染內褲，膿汁刺激局部皮膚，肛門瘙癢劇烈。久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，發作亦越頻繁，形成互爲因果。
二、瘻口、瘻管增加：肛瘻的多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來困難，而且也影響到肛門的生理功能。
三、癌變危險：肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，危及周圍臟器，並且多年未治或誤治的老肛瘻有癌變的可能。
四、肛門失禁：任由肛瘻發展，可對括約肌造成嚴重損傷，甚至可能造成肛門失禁等併發症不久再次發作，被迫淪爲“二手患者”，輾轉求治，痛苦不堪。
