肛瘻是由肛門直腸周圍膿腫引起的，膿腫破潰後流膿，逐漸形成纖維化瘻管，這就是肛瘻。肛瘻的原因具體表現在以下幾個方面：
1、細菌感染：由於肛管直腸部位是“排污”的重要通道，細菌非常容易侵入肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體，造成感染髮病，逐漸形成膿腫，破潰而爲肛瘻；
2、肛周膿腫：肛周膿腫是導致肛瘻的主要因素之一。由於糞便滯留肛隱窩，引起肛腺炎，導致肛周膿腫，患者常不予以重視，肛周膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，即成瘻管，肛瘻由此形成。
3、結核桿菌、放線菌：感染形成膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
4、直腸肛門損傷、外傷：來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起肛周膿腫，不及時治療，都可導致肛瘻。
肛瘻是常見的肛腸疾病，發病率很高。治療肛瘻，關鍵就在於尋找內口，內口若有遺漏，肛瘻必然治療不徹底。目前治肛瘻方法技術有很多，處理肛瘻內口的原則：如果治療成敗，關鍵在於能否準確地找到內口及準確地處理內口。內口的概念應該是指感染的肛隱窩，肛門腺導管和肛門腺。在醫療時，只強調切開肛隱窩，不等於已全部清除其下方感染的肛門腺導管和測了腺。在切開肛隱窩後，應同時切除肛門導管和肛門腺。也是治癒該病成功的重要關鍵。肛瘻手術基本方法：瘻管切開和切除術，肛瘻同身體任何部位的瘻管一樣，必須保持引流暢通或瘻管切除，才能獲得痊癒。
