肛瘻手術後處理十分重要，甚至可以說手術後處理的好壞對手術效果的優劣有直接影響。一般而言，在手術後24小時，便將傷口內的凡士林紗布及其他填充紗布取出，若創面較深較大，則可於48小時後取出，若患者排便，便後要坐浴患處，並換藥。每日一次，直至傷口完全癒合。換藥時，傷口應保持引流通暢，藥布放到傷口深處，即傷口底部，覆蓋好肉芽組織，使其由深部向外生長，但不宜填塞太緊，以免妨礙癒合。同時要檢查傷口情況，避免外部傷口粘連，早期癒合，而形成新的瘻管。對外部生長較快的肉芽要經常剪切，對已提前癒合的外部組織要提早切除，擴大外部引流口，使引流通暢。換藥時，有條件者應儘量使用諸如生肌玉紅膏之類的中藥膏劑，祛除腐肉，以促進傷口癒合。
肛瘻手術後早期每日必須換藥，可以說肛瘻手術後換藥的重要性不亞於甚至在某種程度上還要高於肛瘻手術的重要性。因爲肛瘻手術後的創面往往是敞開的，通過手術後換藥，可以達到以下作用：
1） 去除手術創面的分泌物和糞便，保持創面清潔，防止污染進而引起感染。
2） 換藥時置入傷口的藥物紗條不僅可以通暢引流，還可起到保護創面的作用。
3） 換藥時可以使用一些促進創面生長藥物如貝復濟等。
4） 有利於發現並處理不健康的肉芽組織，促進傷口癒合。
5） 通過紗條的填充，可確保傷口癒合從基底開始，避免橋形癒合。
