肛瘻手術後遺症常見以下幾種：
1、肛門潮溼或漏少量稀糞：由於手術瘢痕過大使肛門關閉不嚴所致，患者往往屬瘢痕體質者。隨着時間的推移，瘢痕可以逐漸軟化，該後遺症可以消失。只是這個時間有長有短，因人而異，如糖尿病患者的這個時間就會長一些。
2、肛管直腸狹窄：因瘻管複雜，大面積瘢痕攣縮所致。如何理需視具體情況而定。
3、肛門失禁：這是不該出現的，若出現說明手術失敗了，需要進行修復手術。在臨牀上，肛瘻手術後出現肛門完全性失禁的情況很罕見；一般見到的是肛門不完全性失禁和肛門感覺性失禁，對此只能是保守治療和加強肛門功能煅練。
