在肝癌的治療中，手術切除爲首選方法。肝癌的手術方式視腫瘤大小、位置不同而異，可作局部、肝葉或半肝切除，肝癌早期進行手術切除是提高生存率的關鍵，腫瘤越小，五年生存率越高。適宜手術的肝癌患者有以下幾類：
1，診斷明確，估計病變侷限於一葉或半肝者;
2，無明顯黃疸、腹水或遠處轉移者;
3，肝功能代償尚好，凝血酶時間不低於50%者;
4，心、肝、腎功能耐受者。目前公認在肝癌的治療中，局部切除較規則肝葉多達到的治療效果好，術後肝功能紊亂減輕，手術死亡率亦降低。
肝癌對放療化療不敏感，因此放化療在肝腺癌的治療作用不突出，但由於放射源、放射設備和技術的進步，各種影像學檢查的準確定位使放射治療在肝腺癌的治療中地位有所提高，療效亦有所改善。有統計報道說放射總量超過40Gy(4000rads容氣量)合併理氣健脾中藥使肝腺癌患者一年生存率達72.7%。
另外，對肝癌較爲有效的化療藥物以CDDP(順鉑)爲首選，常用的還有5Fu、阿黴素(ADM)及其衍生物、絲裂黴素、VP16和氨甲喋呤等。一般認爲單個藥物靜脈給藥對肝腺癌的治療效果較差。採用肝動脈給藥和(或)栓塞，以及配合內、外放射治療應用較多，效果較明顯。
另外，中醫與肝腺癌的治療也有很深的歷史淵源。肝腺癌屬於中醫“肝積”、“肝壅”、“肥氣”、“痞氣”、“積氣”、“積聚”、“癩瘕”、“鼓脹”、“脅痛”、“黃疸”的範疇，認爲肝腺癌是由於正氣虛損，邪氣乘襲，蘊結於臟腑，血行不暢，痰瘀毒結而形成的。
總的來說，肝癌的治療應以手術切除爲首選方法，中晚期及發生轉移而無法手術的肝癌患者，多主張採用中西醫結合的綜合療法。
