胃腸道平滑肌腫瘤早期常無任何自覺症狀，隨着腫瘤的不斷生長，臨牀上纔出現相應的症狀。Chou等[3]報道約有43.8%的患者表現爲消化道出血，主要爲便血。此外有37.5%的患者表現爲腹部腫塊，部分有腹痛(21.3%)，少數表現爲便祕，約有3%的患者出現消化道梗阻，8.8%的患者臨牀上無任何症狀。北京醫科大學一組報道中有40%的患者出現貧血，4%的患者表現有體重減輕。
來源於胃的消化道平滑肌腫瘤主要表現爲消化道出血和腹痛，少數患者可摸到腫塊。Davis等[7]分析總結425例胃平滑肌瘤中，54.6%～59.1%的患者表現爲消化道出血，腹痛的患者佔36.5%～37.9%。
小腸平滑肌腫瘤則以梗阻爲主要表現。由於這些腫瘤富含血管，故發生在十二指腸的腫瘤易形成潰瘍，且可發生大出血。少數患者發生腫瘤中心壞死，並引起腸穿孔。小腸的平滑肌腫瘤缺乏典型的臨牀症狀，有時可以存在很多年而未被發現。據報道有41%的LMs和10%的LMSs會發生腸套疊。
胃腸道平滑肌腫瘤的診斷主要依據臨牀症狀、體徵及消化道內鏡檢查。食管的平滑肌腫瘤診斷並不困難。發生在小腸的平滑肌腫瘤術前往往難以明確診斷，許多患者缺乏臨牀症狀。消化道內鏡對小腸的平滑肌腫瘤診斷的正確率僅爲13%～33%，鋇餐造影發現腫瘤的陽性率爲25%～29%。
對發生在食管及胃內的平滑肌腫瘤近年來報道應用超聲內鏡檢查可以發現黏膜下腫瘤的大小、侵及深度及腫瘤的邊界，並能鑑別黏膜的癌和黏膜下發生的平滑肌腫瘤。Blanchard等[5] 認爲腸繫膜血管造影對小腸平滑肌腫瘤的診斷優於內鏡，有經驗的醫師可以使70%以上的小腸平滑肌腫瘤得到術前診斷。
電子計算機斷層掃描(CT)檢查對發生在胃腸道的平滑肌腫瘤較有意義。有報道應用CT對小腸平滑肌腫瘤診斷正確率高達89.5%，平滑肌肉瘤爲98%。但CT尚難對良惡性腫瘤作出鑑別。
選擇性動脈造影對診斷黏膜下腫瘤伴出血有較好的效果。許多平滑肌腫瘤在血管造影時表現爲“腫瘤血流徵”(tumorblush)，腫瘤有多處血供，並有靜脈池。但血管造影也難以確定良惡性腫瘤。
對於發生在肛門直腸的平滑肌腫瘤，特別是肛管的平滑肌腫瘤，影像學檢查往往不易發現，除了肛查及直腸肛門鏡檢外，強調直腸內鏡超聲，此檢查不僅能鑑別黏膜及黏膜下層來源或肌層來源的腫瘤，而且可以測量腫瘤的大小、形態、部位及範圍。超聲檢查可以區分是直腸平滑肌還是黏膜上皮來源的腫瘤。
近年來磁共振 (MRI)對平滑肌來源腫瘤的診斷也有報道。MRI可以準確地定位發生在盆腔的平滑肌腫瘤，並能區分是黏膜和黏膜下層增厚的腫瘤還是肌層以及腔外的脂肪組織。內鏡超聲引導下的針刺活檢會使80%的胃平滑肌來源的腫瘤得到術前正確的診斷。
