艾滋病患者多出現明顯的消瘦和嚴重的營養不良，貧血，白細胞，血小板或全血細胞減少。
心血管系統的損傷引起心動過速，心臟增大，充血性心力衰竭。
腎功能的損傷可引起間質性腎炎和腎小管壞死，出現蛋白尿，少尿，高度水腫，氮質血癥及腎功能衰竭。
長期腹瀉引起水電解質紊亂，神經系統的損傷引起智力下降，反應遲鈍，抑鬱，憂慮，類妄想狂精神病或癡呆。
內分泌系統的損傷可出現腎上腺功能不全和低腎素血癥，低血壓，持續性低血鈉和高血鉀，甲狀腺功能低下，糖尿病和腎上腺危象等。
肌肉骨骼系統的損傷可引起遊走性關節炎，關節疼痛和關節腔積液，酷似風溼性關節炎，抗風溼治療效果不佳，亦可表現有多發性肌炎，肌肉明顯壓痛及活動障礙，肌肉活檢呈壞死性肌炎。
