發熱、消瘦、疲乏、無力，這些表現艾滋病病徵的現象需和其他感染性病（如結核病、沙門氏菌屬病等）、自身免疫性疾病（如紅斑狼瘡）、膠原性疾病、血友病的某些類似症狀相鑑別。
淋巴結腫大，需與引起淋巴結腫大的卡波濟肉瘤、淋巴瘤、何杰金氏病、淋巴結核、血友病相鑑別，尤其應注意與近年來在同性戀中發現的良性性病性淋巴結病綜合徵（GINS）相鑑別。
皮膚改變，艾滋病病人多發生的蕁麻疹、全身性搔癢症及尖銳溼疣、接觸性軟疣等需與伴皮膚改變的卡波濟肉瘤、皮膚粘膜紫癜、白血病的某些皮膚症狀相鑑別。
艾滋病能通過性接觸傳播，它所表現出的皮膚粘膜表徵需與其它性病相鑑別，如淋病、梅毒、軟性下疳和性病性淋巴肉芽腫等，但上述這些性病都有明顯的局部症狀及特異的檢測手段，且治療也相對容易，無艾滋病所特有的免疫學改變，也是鑑別要點之一。
艾滋病的血液學與免疫學的改變需與單核細胞增多症，以及使用免疫抑制劑和其它原因引起的免疫抑制疾病的鑑別。
在艾滋病早期表現出的疲乏、抑鬱、嗜睡等症狀尚需與稱爲“假性艾滋病綜合徵”的精神症狀相鑑別。另外，在兒童艾滋病診斷時，也需注意與兒童發育遲緩症等相鑑別。
在艾滋病發展的今天，由於各國科研醫療機構的高度重視，特別是在發達國家，一旦發生可疑爲艾滋病感染的人，通過多種檢測手段能迅速確定是否感染艾滋病;在醫療水平、檢測手段落後的國家和地區，對艾滋病的確診與鑑別存在相當大的偏差，這就需要醫務人員對艾滋病有明確的認識，同時對可疑對象，抓緊並反覆進行檢測，以免發生診斷失誤。
