如果患者肝功檢查始終正常，則病情處於病毒攜帶狀態，不需要進行抗病毒治療。因爲此時機體對於乙肝病毒的免疫功能處於耐受階段，抗病毒治療無法獲得應答，治療往往是“對牛彈琴”，收效甚微。
如果患者檢查“乙肝病毒DNA”爲陽性，肝功能檢查提示谷丙轉氨酶≥正常值2倍以上，則應進行抗病毒治療。
治療前建議做肝穿
乙肝病毒是體內潛伏的“特務”，它對人體的損害常常在體內靜悄悄地進行。在進行抗病毒之前先做一次肝穿刺檢查，可以明確肝組織炎症和纖維化程度，做到“有的放矢”，有針對性地決定使用那種抗病毒藥物和抗病毒治療方案。
首選藥物
首次治療可選干擾素、拉米夫定、阿德福韋和恩替卡韋，但是具體選用哪個又有講究：
有明確乙肝家族背景(母嬰傳播)者，干擾素效果不佳;
肝功能失代償階段(如重型肝炎、重度黃疸、肝硬化腹水)的患者不能使用干擾素，它的免疫激活作用，可能使這些重病患者肝功能急劇惡化，威脅生命，此時只能選擇拉米夫定;
拉米夫定最好不要用於兒童;
阿德福韋最好用於拉米夫定治療發生病毒變異者。
