对于肝功正常、乙肝DNA阴性的乙肝小三阳患者，很多医生都赞同不治疗，但通过肝穿发现90%患者的肝脏有炎症活动，且有纤维化倾向，甚至部分患者已出现了早期肝硬化倾向，所以即使肝功正常、乙肝DNA阴性的乙肝小三阳同样需要治疗，其治疗方法主要以中医中药调免疫、软肝活血、抗纤维化的治疗为主。
但乙肝小三阳出现肝功异常、乙肝DNA阳性及B超显示肝脏有（或无）损伤时，则说明人体对乙肝病毒的免疫反应，导致了肝功的反复波动（也就是已经打破了机体免疫耐受，从病毒携带状态进入到了急、慢性肝炎阶段），此时的治疗应以西药抗病毒，中医中药调免疫、抗纤维化治疗为主。
但对于40岁以上、病程达到10年以上的乙肝小三阳患者（因大多存在着不同程度的肝纤维化），则应采取中医中药抗纤维化、活血软肝的方法治疗，从而有效防止肝硬化的发生。
乙肝小三阳患者治疗时，一定要去正规医院根据自己的具体病情来选择最适合自己的治疗方法，切勿轻信广告、偏方偏药而引起治疗不当，耽误病情。
