根据结石成分的不同，肾结石可分草酸钙结石、磷酸钙结石、尿酸（尿酸盐）结石、磷酸铵镁结石、胱氨酸结石及嘌呤结石六类。大多数结石可混合两种或两种以上的成份。
1、草酸钙结石：最为常见，占肾结石的80%以上，在酸性或中性尿中形成，发病多为青壮年，以男性多见。常呈黄褐或石铜色，表面平滑（单水草酸钙）、粗糙（双水草酸钙），男性发病为多见，多有家庭史，在x线片上清晰可见。尿沉渣内常有草酸钙结晶。宜低钙及低草酸饮食。少食牛奶及乳制品、豆制品、肉类、动物内脏（如肝、心脏、肾、肠等），还有巧克力、浓茶、芝麻酱、蛋黄、香菇、菠菜、虾皮、萝卜、芹菜、土豆等。食物中纤维素可减少尿钙的形成，如麦麸食品中的麦麸面包、米糠也有同样作用，对复发性高钙尿结石有效，维生素B1、维生素B6缺乏使尿草酸增多，应增加富含此类维生素的食物，如谷物、干果、硬果等。
2、磷酸钙结石：占结石的6%-9%，在碱性尿中形成，也以男性青壮年多发。结石为白色，表面粗糙，常呈鹿角状，质地较硬。常在碱性尿中形成。以青壮年男性为多见，多有家庭史，在x线片上清晰可见。磷酸钙结石的饮食同草酸钙结石相同。在低磷食物中，宜少食肉类、鱼类及骨头汤。
3、尿酸结石：占结石的6%，在酸性尿中形成，当尿PH值大于6.7时结石溶解，以男性多见。表面光滑，常呈鹿角形，色黄或棕褐色，质地较硬，在x线片上模糊不清或不能出现。以男性多见，尤以痛风病人更常见，通常有家庭史。尿沉渣内可见尿酸结晶。中药治疗尿酸肾结石的效果比较不错，溶石，排石的速度很快，0.8cm以下结石都可以尝试用中药来进行排石，效果都挺不错。
4、磷酸镁胺结石：占结石的10%，在碱性尿中形成，尿PH值小于7.2时结石溶解，以女性多见。结石色黄或污灰色，呈树枝状或鹿角状，质地较软。以女性为多见，尿路感染的病人较多，不能透过x线。尿沉渣内可见磷酸铵镁结晶。应限制蛋白质的摄入量，每日蛋白质的总摄入量应在48～80克（0.8～1.0克/公斤/日）之间。一般带叶的蔬菜每市斤约含10克蛋白质、瘦肉类每50克约含蛋白质10克、谷类每市斤含蛋白质35～60克。要增加新鲜蔬菜和水果的食量。蔬菜和水果含维生素B1及维生素C，它们在体内最后代谢产物是碱性的，尿酸在碱性尿内易于溶解，故有利于治疗。
5、胱氨酸结石：少见，约占结石的1%-2%，在酸性尿中形成，尿PH值大于7.0时结石溶解。
6、黄嘌呤结石：黄嘌呤结石此类结石很少见到，色白或黄棕色，质地很脆，不能透过x光线，一般在酸性尿中形成。
