目前食管癌的病因虽尚未完全明了但近年来国内外对食管癌病因进行了多途径探索从亚硝胺营养微量元素真菌及病毒遗传等多方面多层次进行研究和探索获得了很有意义的进展一般认为食管癌的发生可能是多种因素综合作用的结果与发生食管癌的病因因素如下：
1、亚硝胺：亚硝胺类化合物是一类很强的致癌物，在100多种亚硝胺中有十几种引起多种动物食管癌。在食管癌高发区发现居民膳食中摄入不同量的亚硝胺，同时证明：从膳食中摄入亚硝胺的量一食管癌发病率成正相关。一些亚硝胺能特异地引起动物食管癌。高发区人胃液中亚硝胺类化合物含量明显高于低发区。
2、霉菌：从高发区酸菜、窝窝头、玉米面中分出多种霉菌，粮食霉菌污染率明显高于低发区。粮食中分离的冬青匍柄霉、互隔交链孢霉有致实变作用，所产生的毒素可致染色体畸变。霉菌与亚硝胺有协同致癌作用。
3、营养、维生素及微量元素：某些维生素及微量元素的缺乏为食管癌发病造成一定条件。高发区食管炎、细胞不典型增生、重度增生较普遍，与高发区摄入蛋白质、水果、蔬菜少有关。
4、遗传因素：食管癌患者有明显的家族聚集性。在同一家族可在同一代或隔几代内发生。临床医生也注意到家族性明显的患者具有症状重、疗效差、病程短的特点。
5、吸烟饮酒：吸烟量的增加及吸烟时间延长，烟草中亚硝胺等致癌物在体内的积蓄也会增加，发病的危险也随之提高。饮酒与吸烟协同致癌作用。
6、热饮热食：热损伤可能是促进肿瘤的发生或成为肿瘤发生的一个条件。
7、酸菜：酸菜中亚硝酸盐和亚硝酸含量较多，酸菜中还测出致癌化合物苯并芘和其他多环芳烃化合物，调查发现，高发区居民食酸菜者较普遍，食管癌的发病率与食酸菜量正相关。
