1.脑脊液脱落细胞学检查，对诊断生殖细胞瘤松果体母细胞瘤最有价值，因这两种肿瘤细胞易脱落，出现脑脊液内种植，如脑脊液脱落细胞学检查，发现病理细胞即可明确诊断，脑脊液内种植可刺激脑室脉络丛分泌过多脑脊液，导致交通性脑积水，故肿瘤很小即可合并显著脑积水。
2.松果体区激素分泌性生殖细胞瘤患者，脑脊液内HCG-βAFP水平增高。
3.羟基吲哚-氧-甲基转移酶（HIOMT）是褪黑素生物合成最后步骤的关键酶，Tsumanuma等对3例松果体母细胞瘤与5例松果体细胞瘤进行原位杂交分析后发现，这两类肿瘤细胞保存了表达HIOMT mR-NA的功能，MIOMT水平升高有助于诊断松果体实质瘤的程度。
（1）以往采用的气脑造影术因并发症多敏感性低而被淘汰，现多根据临床表现选择CT或MRI检查，CT是松果体肿瘤的首选检查，可做增强及冠状面扫描CT引导活检可于病灶局部获取组织明确病理诊断。Fedorcsak等在1989～1996年期间进行523次CT引导定向活检术认为，本法完全有效对颅内肿瘤的组织学诊断，制定合适的治疗方案很有必要。
（2）MRI对松果体母细胞瘤诊断有独到优点，松果体母细胞瘤起源于松果体腺恶性程度大，具浸润性、生长快、易转移、病人存活期短，因而早期诊断治疗十分重要。MRI显示松果体肿瘤区域的高信号以及清晰可见肿瘤侵入第三脑室的程度。
（3）头部放射线摄片显示大块（》15mm）的絮状松果体钙化或脑水肿征象。
