軍機處和內閣區別在於軍機處沒有實權，而內閣是擁有實權的權力機關。清朝時期的內閣制度沿襲了明朝，到康熙年間才確立，雍正執政時期，爲了避免內閣權力過盛，威脅到皇權，就設立了軍機處，但軍機處只是聽從皇帝指令的機關。
清朝是歷史上最後一個封建君主專制王朝，它的許多制度都是從前朝延續下來的，像明朝的內閣制度是當時地位最高的機構，屬於皇帝的祕書處，而且內閣大臣是有實權的，明朝成化和弘治期間，內閣的權力甚至可以與皇權抗衡，也是皇帝最器重的文官政府。
張居正曾擔任明朝的丞相，也是內閣最高統治者，相當於現在的首相位置，萬曆皇帝時期，張居正完全可以把持朝政，進行一系列改革。軍機處是清朝才設立的機構，主要任務是聽從皇帝旨意，宣佈皇帝命令，雖然軍機處跟皇帝更親近，但軍機處的大臣沒有實權，有名無實。
