根據衛生部此前公佈的數據，目前我國抗菌藥物的臨牀應用存在諸多問題。
一是臨牀應用抗菌藥物品種多，在國際上被反覆警示甚至取消註冊的藥物仍在我國部分醫療機構中使用。
二是抗菌藥物使用率和使用強度高，用量大。68.9%的住院病人使用抗菌藥物，平均100個患者一天消耗80.1人份的抗菌藥物。
三是藥物應用結構不合理。
世界衛生組織駐華代表藍睿明指出，濫用抗生素導致的細菌耐藥及其在全球的蔓延，會使目前用於感染性疾病治療的許多藥物難以保持療效，如果不採取緊急的糾正和預防行動，世界將進入後抗生素時代，將無藥可用。
衛生部副部長馬曉偉表示，衛生部計劃制定抗菌藥物管理辦法和使用標準，要求各級醫療機構對抗生素的用藥情況進行監測，對醫生的行爲進行檢查，將把抗生素和其他藥品使用量作爲考覈醫院政績和工作的主要指標，組織全國性的督導檢查，違規嚴重的醫院甚至存在被降級的可能。
我國每年抗生素的使用量有多少？衛生部醫政司醫療處處長焦雅輝表示，目前全國抗生素使用量還沒有一個準確的統計。“我們目前掌握的只是監測網中不到200家醫院的使用量，今年準備擴大監測網範圍，要求省裏也建設自己的監測網，爭取建設一個覆蓋全國縣醫院以上的網絡。”
對於我國“每年有8萬人死於過度使用抗生素”的說法，焦雅輝說，這個數字的準確性現在不好評論。“我們追查了所用引用這個數字的文章中提到的專家，以及相關媒體，沒有任何一個人能給出科學、準確的出處。”焦雅輝說，根據藥監局的藥品不良反應監測數據，2009年和2010年，我國因藥品不良反應死亡的人數加起來只有1100人，“8萬人這個數字還沒找到出處。”
