2008年，廣州市疾病預防控制中心與廣東出入境檢驗檢疫部門從入境的可疑發熱人員中發現基孔肯雅熱輸入病例。2008年和2010年分別發現4例和3例的輸入性確診病例，輸入地主要爲東南亞、非洲等地。此後，出入境檢驗檢疫部門和疾控中心密切監控全球發病動態，加強對可疑入境病人的篩查檢測。廣州市尚未發現本地感染的基孔肯雅熱病例。
目前正值亞運會前期，爲加強防控力度，廣州市各級醫療機構組織開展醫務人員進行基孔肯雅熱診療知識的培訓學習；廣州市疾病預防控制中心選擇了4家亞運會定點收治醫院進行應急監測。此外，還加強了白紋伊蚊的監測。同時，市愛衛會正在組織開展全城滅蚊行動。
