由於醫學研究成果受到方舟子、方玄昌的質疑，肖傳國認爲“二方”影響了自己的行醫收入，妨礙了自己當選院士，於是出錢收買歹徒，對“二方”悍然實施暴力襲擊。這是一起典型的故意買兇傷人案件，法院僅以尋釁滋事罪，判處買兇者和兇手不足半年的拘役，別說作爲受害者的“二方”，一般人只要不是肖傳國的支持者，大約也都會覺得判得太輕。
此外，法院在審判過程中也頗有不同尋常之處，如不同意“二方”提出的重新鑑定申請；檢方建議適用普通程序審理，法院卻擅自適用簡易程序審理；法官一度宣佈休庭，待方舟子的律師離開後，又宣佈繼續開庭，並迅速作出判決。凡此種種無不顯示，法院的判決大有“從快從輕”之嫌。
方舟子就此寫了篇博客《如此惡性的案子爲什麼能得到最輕微的判決？》，除披露了庭審中出示的一些證據或相關情況外，也未能回答肖傳國爲何獲輕判的疑問。比如他披露，肖傳國自己供述稱，肖的父親是湖北赤壁市原政法委書記，弟弟是咸寧市公安局副局長，但方舟子強調，他“不是在暗示其家人與此案有關”。的確，即便肖傳國有上述家庭背景，似乎也不足以影響北京法院作出輕判。看來，肖傳國獲輕判一定另有原因。
方舟子是知名的公衆人物，被譽爲“打假鬥士”，方玄昌是知名財經媒體的揭黑記者，肖傳國買兇襲擊“二方”，與“二方”形成了直接的、尖銳的“敵對關係”，因此，權力機關對肖傳國的態度，必然與他們對“二方”的態度密切相關。如果法院依法對肖傳國和幾名兇手予以嚴懲，該以故意傷害罪論處的，就以故意傷害罪論處，該判三五年的就判他個三五年，這就是對“二方”最好的保護，是對“二方”的打假、揭黑工作最好的鼓勵。反之，如果法院對肖傳國和幾名兇手予以輕判，其實未必是在對肖傳國等人手下留情，而更可能是爲了顯示一種微妙的態度——權力機關並不怎麼鼓勵“二方”等人的打假、揭黑工作，如果有人對他們實施打擊報復，權力機關並不怎麼願意對打擊報復者依法嚴懲。
“對敵人的嚴懲就是對人民的保護，對敵人的仁慈就是對人民的犯罪”，同樣，對肖傳國的輕判，實際上就是對方舟子、方玄昌所代表的學術打假、新聞揭黑的輕視。近年來，一些地方和部門對方舟子等人的學術打假舉報冷漠相向，對新聞媒體的揭露性報道深惡痛絕，聯繫到這些情形，你就能夠理解，某些權力機關爲何要“輕判”肖傳國了。如果對肖傳國依法嚴懲，豈不是大長了方舟子們的志氣？如果方舟子們受到鼓勵之後，從“學術打假”轉向“權力打假”，天知道會有多麼可怕的結果？在目前的國情條件下，某些權力機關如此苦心孤詣深謀遠慮，可以說是再自然不過了。
