在我國市場上，發改委批准的原研藥廠家的專利過期藥價格基本上都遠高於仿製藥。像2005年第17次藥品降價的頭孢曲松鈉，常用的0。5g規格的普通藥品規定最高零售價是5。9元，而作爲原研製藥品的羅氏芬則要55。2元，兩者相差9。36倍；6片裝規格爲250mg的阿奇黴素片劑，普通產品的最高零售價是21元/盒，輝瑞公司的同規格原研產品希舒美則要80。6元/盒，兩者價格相差接近4倍。按理說，價格低是優勢，市場銷量會更大。那麼，高定價的專利過期藥爲什麼會引起仿製藥廠商的強烈不滿，而仿製藥廠商又以能夠爲自己生產的藥品取得單獨定價而驕傲呢？
在某些情況下，中國藥品“價格越高、折扣越大、銷量越大”。出現這種情況的原因，主要在於藥品的終端用戶也就是患者沒有自主選擇權，採用與否的決定者與付費者不同一，患者只能被動接受醫生的建議。在目前醫藥不分的體系下，醫生當然願意開高價的藥品，從而獲取高額回報。據業內人士估計，醫生回扣大約佔藥品零售價的20%左右。據瞭解，國內生產的大部分西藥真正的生產成本還不到零售價的5%。比如一種名爲“恩丹西酮”的化療止吐藥，規格爲8mg/支，在醫院售價大約爲80～90元，但是其平均每支的原料成本不足1元，加上包裝及工資、管理等，成本也不到零售價的5%。這種藥的零售價中，醫院和醫生拿到了50元左右。另一方面，仿製藥廠商能夠獲得藥品的單獨定價，既可以在目前的醫療體制下有更多的周旋餘地，也說明其生產的藥品質量更加優越，對於提升自身的知名度，打開更大的市場空間有很大幫助。#p#副標題#e#
仿製藥與專利過期藥的價格差異有其歷史原因，解決起來雖非易事，亦有可能：增加患者選擇同種藥品不同品牌不同價位的權利，減少醫生在患者選擇藥品時的影響，通過市場化的手段來弱化權力尋租發生的可能。然而果真如此的話，衛生部又要在醫療改革的方案中認真考慮如何補償醫院和醫生在藥品中遭受損失的問題了。
在美國，藥品價格體系似乎比較簡單，在專利保護期內只有一個產品，也只有一個價格。當藥品的專利過期時，專利藥的市場份額將迅速被仿製藥佔領，而仿製藥廠商所生產的藥品價格則通過公開的市場競爭達到一個相對合理的低價位。然而在中國，藥品價格體系非常複雜，即使專利過期，仍然存在發改委等部門對於仿製藥的最高限價，還有一部分藥品具有單獨定價的權利。根據2001年國家計委（發改委的前身）發佈的《關於單獨定價藥品價格制定有關問題的通知》，企業生產經營列入政府定價範圍的藥品，因其產品有效性和安全性明顯優於或治療週期和治療費用明顯低於其他企業同種藥品、且不適宜按《政府定價辦法》（計價格[2000]2142號）第六條規定的一般性比價關係定價的，可以申請單獨定價。
專利過期藥與仿製藥之間是否真的存在療效上的差異呢？據美國註冊護士學會（ASRN。org）一項全國範圍的在線調查顯示，截至2008年4月底，接受調查的781名註冊護士中有41%認爲，仿製藥療效不及專利藥。調查分析認爲，專利藥和生物等效的仿製藥之間血液吸收的平均差異通常是3。5%，遠小於最低標準，與專利藥間的差異具有可比性。有醫生認爲專利藥和仿製藥的差異有時會影響藥物發揮作用，特別是在藥物劑量要求非常準確的情況下。某些情況下，患者需要在相當長的一段時間裏保持一個恆定、精確的血藥水平，對於癲癇、哮喘、糖尿病、心臟病、神經疾病以及甲狀腺疾病的患者而言，換藥可能會打破這種藥物精確的平衡。有醫生認爲，在藥物的治療劑量和毒性劑量差別較小（即研究者所謂的治療窗較窄）的情況下，專利藥通常是最佳選擇。理論上認爲，仿製藥和專利藥是一樣的，因爲FDA要求仿製藥必須具有和專利藥相同的質量、濃度、純度和穩定性。然而，非活性成分可能是藥物間的差異之一。但是，對於大多數疾病來說，仿製藥與專利藥微小的差別不足以對病人的病情造成顯著影響。況且，並非所有的仿製藥效果都會差於專利藥。
