一、牙籤最好用於牙間有空隙存在的情況下，牙籤以45度角進入，尖朝向咬東西的牙面，側緣接觸於間隙的牙齦。然後用牙籤的側緣沿着牙面刮淨牙面，特別是在凹的根面和牙根分叉的部位，可用牙籤尖及側緣刮剔，並可將牙面磨光。如果有食物纖維嵌塞，可做頰舌側穿刺動作，將食物剔出，然後漱口。
二、要選擇質地較硬、不易折斷、表面光滑、沒有毛刺及橫斷面爲扁圓形或三角形的牙籤，最好是購買市售成品牙籤，要注意保侍清潔，不要用不乾淨的小木棍、鐵絲、大頭針或火柴棍來代替。
三、如果牙齦乳頭正常，牙籤只限於用在牙齦溝內，切不可將牙籤用力壓入牙間乳頭區，因爲這樣會使本來沒有間隙的牙齒間形成縫隙，食物更容易嵌塞，再用牙籤去剔，久而久之，成爲惡性循環，使牙間隙增大，牙齦乳頭萎縮，既造成牙周病又影響美觀和功能。
