許多益生菌已成爲廣爲使用的健康食品，而最常用的是乳酸菌，許多研究報告證實對兒童的過敏及腹瀉有所療效。在臺灣，市場上有許多益生菌產品販賣，包括養樂多、優酪乳等，許多家長們常購買做爲兒童的零食。
這些益生菌的害處很少被報告，醫學文獻上僅有極少數成人病患，被報告因使用益生菌造成嚴重的感染疾病。
2005年1月份兒科醫學雜誌(J. Pediatrics 2005,115:178-181)，美國北卡羅來納的蘭德醫師等報告2位兒童病例，年齡分別爲6周及6歲，均因嚴重細菌感染而使用大量的抗生素治療，但造成嚴重腹瀉的合併症，故使用益生菌(乳酸菌)治療腹瀉。但在使用乳酸菌20～40天后，再度發燒，引起敗血症，而且血液培養出乳酸菌後，經抗生素治療後痊癒。
雖然乳酸菌爲益生菌，對健康的成人及兒童均有所助益，對兒童腹瀉也有所幫忙，但在體弱多病或免疫缺乏的幼兒，也可能引致敗血症、心內膜炎，所以必須小心使用，甚至需暫時禁用。
