目前對肛瘻的分類尚不統一，但最常用的分類方法有以下三種：
(一)隅越幸男分類法
(二)史兆歧教授分類法
根據瘻管與肛門直腸周圍間隙的關係，以及病理變化和治療上的方便分以下類型：
①肛提肌上肛瘻
指內口在肛竇或齒狀線上方肛管直腸壁上，瘻管由肌間隙進入骨盆直腸間隙，穿過肛提肌的高位肛瘻。#p#副標題#e#
②皮下或粘膜下肛瘻
a.粘膜下瘻，係指原發口在肛竇，瘻管在肛門管直腸粘膜下，皮膚外沒有開口。
b.皮下瘻，是指原發內口在肛竇，瘻管在肛門管皮膚下或肛門周圍皮膚下的淺在性肛瘻，外口距肛門很近。
③肛提肌下肛瘻
c.高位肌外瘻管：指內口在肛竇，瘻管穿過肛門外括約肌深部的肛瘻。向一側坐骨直腸間隙發展的稱爲單純性高位肌外瘻，向二側坐骨直腸間隙發展的稱爲複雜性高位肌外瘻，又叫高位蹄鐵形肛瘻。
d.低位肌外瘻管：指內口在肛竇，瘻管穿過肛門外括約肌淺部的肛瘻。向一側坐骨間隙發展的稱爲單純性低位肌外瘻。向兩側坐骨直腸間隙發展，形成像馬蹄鐵形狀，肛門兩側都有外口的稱爲複雜性低位肌外瘻，又叫低位蹄鐵形肛瘻。
④內外括約肌間肛瘻
a.高位肌間瘻管：指內口在肛竇，瘻管至內外括約肌間向上發展的肛瘻。
b.低位肌間瘻管：指內口在肛竇，瘻管穿至內外肛門括約肌間隙，穿過外肛門括約肌皮下部的肛瘻。而瘻管走向直，只有一個外口的，稱作單純性低位肌間瘻。而走向彎曲，有支管的稱爲複雜性低位肌間瘻。#p#副標題#e#
(三)全國腸肛協作會議制訂的分類法
國內普遍採用的按1975年全國肛腸協作會議制訂的肛瘻診斷標準分類。
1.按病源分
化膿性肛瘻和結核性肛瘻。
2.按病變程度分
①單純性肛瘻
a.高位單純性肛瘻：僅有一個瘻管，內口在齒線或齒線以上，管道行徑在外括約肌深層以上，或穿行於直腸粘膜下，而不穿過肌肉者(包括內盲瘻及全內瘻)。
b.低位單純性肛瘻：僅有一個瘻管，一個內口和一個外口之完全瘻。內口在齒線處，管道通過外括約肌淺部或淺部以下。
②複雜性肛瘻
a.高位複雜性肛瘻：有兩個以上管道或支管和空腔，其主管道通過外括約肌深層以上或穿過直腸環，有一個或兩個以上內口，內口在直腸環以上者。根據病變侵犯肛門直腸範圍大小，亦和低位複雜性肛瘻一樣，可再分爲三度。
b.低位複雜性肛瘻：內口在齒線處，管道在外括約肌深層以下，並有支管和空腔，外口和管道兩個或兩個以上(包括多發性瘻和無高位內口的高位空腔，根據病變範圍佔肛門周圍面積大小又可分爲三度，Ⅰ度<1/4，Ⅱ度>1/4～1/2，Ⅲ度>1/2。
③馬蹄形肛瘻
瘻管環行，外口在肛門部兩側，內口多在截石位6點或12點處。又有前位、後位、前後位馬蹄形肛瘻之分。
a.前後位馬蹄形肛瘻：瘻管環行圍繞肛管，外口肛週一圈都有，少則幾個，多則幾十個，大面積被侵犯，管道行徑複雜。
b.前位馬蹄形肛瘻：瘻管環行，外口在肛門前方兩側擴散到會陰及陰道瘻，外口若在肛緣2.5cm以內，內口就在對側。若在2.5cm以上者，內口可能在後側。
c.後位馬蹄形肛瘻：瘻管環行，管道向肛門後兩側擴散，距肛緣較遠較深，有多數外口，多數瘻管管腔相互貫通，內口大多在肛門後側。
