介紹，肛瘻的症狀就是流膿，膿液多少與瘻管的長短、多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適。此外，肛瘻患者當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。
瘙癢也是肛瘻可見的表現，由於膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮溼不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成溼疹。
在瘻管通暢無炎症時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重；但是當瘻管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛，內瘻時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
在肛瘻的急性炎症期和複雜性肛瘻反覆發作時，可以出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗症狀等全身表現。
