鑑於艾滋病病毒複雜的變異性，曾有諾貝爾獎得主悲觀地預言：人類在25年內不可能找到艾滋病疫苗，“並且很可能永遠也找不到這種疫苗”。
2009年，令相當多的人感到歡欣鼓舞的是，美國和泰國合作研發了一種聯合疫苗，被證實可以防治艾滋病。然而，圍繞這個疫苗，更多的專業人員表示了擔心，甚至是懷疑——
從絕望到曙光初現
美國前總統比爾·克林頓於1997年提出，要在8～10年內研製出有效的艾滋病疫苗。此後，儘管美國和世界各國都在爭分奪秒爭相研製艾滋病疫苗，但一直收效不大。
正當全球陷入艾滋病疫苗研發無望的低迷氛圍之時，美國和泰國的一項研究結果或許讓人們看到了曙光。美、泰雙方合作，研發了一種聯合疫苗，稱爲泰國三期（Thai PhaseⅢ，又名RV144），可以將人體感染艾滋病病毒的風險降低31.2%。世界衛生組織與聯合國艾滋病規劃署對此項研究表示了極大的肯定和樂觀，認爲該實驗結果爲人體免疫缺陷病毒（HIV）疫苗研究“注入新希望”，新型疫苗的結果令人鼓舞。而在此次研究中主要負責的華裔科學家焦雋博士表示，新疫苗的確可以防治艾滋病。
這項研究耗資達1.05億美元。所謂聯合疫苗就是聯合使用以前試驗失敗的ALVAC疫苗（由法國賽諾菲巴斯德公司生產）和AIDSVAX疫苗（由美國VAXGEN公司研製），目的是做到“啓動和強化策略”。ALVAC先刺激人體免疫系統，讓其啓動攻擊HIV;而AIDSVAX則充當助攻手，以增強免疫反應。艾滋病毒疫苗ALVAC使用一種金絲雀痘病毒（canarypox）的禽流感病毒，該病毒經過改造作爲載體，含有HIV的三種基因片斷，但不會引起人患病。而AIDSVAX疫苗則含有艾滋病毒表面經基因工程改造過的某種蛋白，同樣不會引起人患病。
聯合疫苗於2003年10月開始試驗，試驗對象是在泰國選取的1.6萬多名年齡在18歲至30歲的志願者。這些人的艾滋病病毒檢測均爲陰性，而且他們的感染風險與普通人羣的平均水平相當。志願者分成兩組，一組注射聯合疫苗（在6個月內注射四針ALVAC和兩針AIDSVAX），另一組（對照組）只注射安慰劑。直到試驗結束，志願者才知道自己是否注射了真的疫苗。結果顯示，在8197名接受疫苗注射的志願者中，有51人感染了HIV，而在對照組的8198人中有74人感染HIV。研究人員認爲，這一差異有統計學的意義，即疫苗有抗禦艾滋病的作用，可以降低HIV感染率超過31%。
質疑之聲不斷
不過，按照疾病預防的觀念，一種疫苗要有80%的預防效果纔可以稱爲成功，也即可以批准生產和上市。但是，由於艾滋病疫苗研究的困難，現在研究人員認爲，即使有些微效，對艾滋病防治來說就算是一種成功了。30%的預防效果當然要比零好多了。這樣的效果對於全球每天增加7500起HIV新感染病例而言，也是一種極好的保護。
但是，隨後更爲嚴謹的科學分析使得這次疫苗試驗有31%的保護性的說法受到強烈質疑。2009年10月底在美國《新英格蘭醫學雜誌》網站上公佈了本次艾滋病疫苗試驗的完整報告。報告認爲，如果以比較嚴謹的科學標準分析，則這次的疫苗有效性只有26%。這個比率實際上已經低於統計學意義的數值，也意味着疫苗實際上並沒有保護作用，與安慰劑的效果一樣，或者與不接種疫苗一樣。
最初的分析並沒有包括7名病人，他們在在開始試驗前就已經感染了艾滋病。如果從完整性上分析，則只有12450人從頭到尾參加了試驗，即完整接種了疫苗或無效的安慰劑，在6個月內注射了共6針疫苗或6針安慰劑。以此來分析，則疫苗的效果只有26.4%。另一項分析是包括那7名在接種疫苗前就感染了艾滋病的7人，也得出了這種疫苗的有效性只有26.2%。
儘管相當多的人認爲這次的艾滋病疫苗是一種成功，但是也有一些專業人員表示了擔心，甚至是懷疑。
例如，聯合疫苗對已感染HIV的人無效，而且即使疫苗有效，也要多年後才能供給公衆使用。另外，該研究是利用泰國常見的HIV病毒株，因此這種疫苗是否能有效對抗美國、非洲或世界其他地方出現的病毒株，目前仍不得而知。
更爲尖銳的是，一些專家認爲這種疫苗是毫無意義的。艾滋病雞尾酒療法的發明者何大一博士說，“這種疫苗不值得投資。還有其他的事情比這種疫苗更值得去做，而且更好、更容易和更有意義。”
不過，代表美國國家衛生研究院指導這次疫苗試驗的美國國立衛生研究院過敏和傳染性疾病主任安東尼·福西博士則認爲，儘管疫苗的效果較差，但這次試驗是我們理解人體是如何抗禦HIV的第一步。他說，“疫苗幾乎微不足道，但它是有意義的。因爲它爲我們可能進行更多的研究打開了一道門。”儘管這次試驗受到疫苗保護的志願者極少，但他們仍然是第一批由艾滋病疫苗保護的人，因此這是一個有價值的開端。
作用機制仍不清楚
不過，研究人員最擔心和懷疑的是艾滋病疫苗的真實效果和作用機制，至少到目前爲止，該疫苗的作用原理尚不清楚。任何疫苗要發揮作用都離不開兩個途徑：一是疫苗能激活免疫系統，產生追蹤入侵者（病原體）的抗體，二是疫苗能刺激機體並在抗體的協助下產生攻擊和摧毀病原體的T細胞。艾滋病疫苗也不例外。
從以往的研究來看，艾滋病疫苗要刺激機體產生抗體是非常困難的。而且，這次美、泰兩國聯合試驗的聯合疫苗儘管以31%的保護效果來看待，但這種新疫苗並不能顯著刺激機體產生抗體和T細胞。不過，令人驚奇的是，它又能減少31%的感染。這是爲什麼呢？
另一個困惑是，在接受疫苗注射組中仍有51人感染了病毒。而且，HIV在這些感染者體內的繁殖速度與在未接種過疫苗的艾滋病患者體內的感染速度一樣快。根據常理，如果疫苗有效，則會降低HIV的感染速度，從而減少感染的嚴重程度，就像流感疫苗一樣，但是這種艾滋病疫苗卻並非如此。這又是爲什麼？
一個可以接受的推測是，這次的疫苗可能激活了機體免疫系統中此前一直被忽略的某些功能或作用。如果真是這樣，也是一件好事，說明我們對艾滋病和免疫系統的探索還永無止境，而且也充滿了希望。
此外，這次疫苗試驗的方式也讓人擔心。試驗疫苗的傳統方法是，先是動物實驗，然後是臨牀實驗，包括一至三期。很多疾病的疫苗，包括非典，都可以用動物做試驗，因爲動物也可感染相同或相似的疾病。但是，人類艾滋病卻不可能找到動物模式。因爲人類艾滋病病毒不能感染其他動物，除了非洲黑猩猩。但黑猩猩是瀕臨滅絕的保護動物，不能拿來做實驗。若是想驗證人類艾滋病疫苗是否有效，只能在人身上來驗證。另一個途徑就是拿猴子的艾滋病病毒製成疫苗在猴子身上做實驗，看看這種方法、原理在猴子身上是否行得通，從而以相似的原理來製造人的疫苗。但是，這後一條路實用價值不高，所以只能用人體做試驗。
但是，艾滋病疫苗直接在人身上做試驗在醫學倫理是不妥當的，比如風險很大。但由於沒有動物模型也只有在人身上直接做試驗了。也正因爲在人身上直接做試驗有風險，就不太容易招募到志願者。不過，美、泰兩國這次的試驗能招募到1.6萬人，的確是一個奇蹟。
最後是對疫苗試驗結果的另一種懷疑。因爲，研究人員向所有志願者都發放了安全套，並向他們提供與性病有關的諮詢和診療。這就提出了一個問題，約31%的HIV感染率的減少是因疫苗的作用還是因爲安全套及其他保護措施的作用？而最好的檢驗方法是讓志願者注射疫苗以後不採用任何保護措施來檢驗疫苗的作用，這纔可能確認是疫苗唯一的作用。但是，這樣做也有違醫學倫理。因此，艾滋病疫苗的研發困難重重。
甚至是懷疑。
