痙攣腸段短、便祕症狀輕者，可先採用綜合性非手術療法，包括定時用等滲鹽水洗腸（灌洗出入量要求相等，忌用高滲、低滲鹽水或肥皂水），擴肛、甘油栓、緩瀉藥，並可用鍼灸或中藥治療，避免糞便在結腸內淤積。若以上方法治療無效，雖爲短段巨結腸亦應手術治療。
凡痙攣腸段長，便祕嚴重者必須進行根治手術，目前採用最多的手術爲：①拖出型直腸乙狀結腸切除術(Swenson´；s術)；②結腸切除直腸後結腸拖出術（Duhamel´；s手術）；③直腸粘膜剝離結腸於直腸肌鞘仙拖出切除術（Soave&acut；s手術）。
如患兒發生急性小腸結腸炎、危像或營養髮育障礙，不能耐受一次根治手術者，應行靜脈補液輸血，改善一般情況後再行根治手術，如腸炎不能控制、腹脹嘔吐不止，應及時作腸造瘻，以後再行根治術。
先天性巨結腸的治療包括保守治療和手術治療，一旦確診，遲早均需進行巨結腸根治術才能解除症狀。保守治療適應於臨牀表現尚輕、診斷未完全明確以及手術前準備等，主要方法有：用肥皂糊、開塞露等刺激肛門直腸，必要時可以用溫生理鹽水灌腸引起患兒排便。
手術治療包括過渡性手術（腸造口術）和確定性手術。腸造口術一般用於併發小腸結腸炎、腸穿孔或全身營養狀況較差無法耐受大手術的患者，經治療一般情況好轉後再行根治性手術。根治性手術要徹底切除病變處狹窄腸段，重新恢復腸道連續性。
由於手術技術和監護水平提高，出生後6個月甚至更早的先天性巨結腸患兒也能安全接受根治性手術，從而避免了小腸結腸炎、營養不良等併發症的發生。此外，術後還應訓練患兒排便習慣，並在醫生指導下定期擴肛，以鞏固遠期療效。
