生殖器皰疹第一次疼痛非常嚴重，而且持續的時間很長，在後面的發作中疼痛將會減輕並且持續時間縮短。生殖器皰疹的常見的症狀是陰莖、陰囊、陰道、肛門、尿道、外陰、出現紅腫，身體出現異常
有些女性生殖器皰疹患者沒有明顯症狀，還會誤診爲其他的疾病。比如：蟲咬、陰道酵母菌感染、股癬。在第一次感染後身體抵抗力就會下降，包括髮熱和腹股溝淋巴結腫大。症狀的來去沒有特定的模式。
原發性生殖器皰疹還是很常見的，一般情況下，原發性生殖器皰疹潛伏期2-10日，平均爲6日。發病部位男性爲包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖。偶可見於尿道、前列腺和精囊，同性戀者可發生於肛門、直腸。
生殖器皰疹的潛伏期是很長的，生殖器皰疹hsv感染後平均約4～5日，外陰患部先有灼熱感，旋即發生成羣丘疹，可爲一簇或多簇，繼之形成水皰。數日後演變爲膿皰，破潰後形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，最後結痂自愈，病程約2～3周。皮損多發於男性的包皮、龜頭、冠狀溝和陰莖等處，偶見於尿道口。
生殖器皰疹的初期症狀一般爲隱性，其他臨牀，很少有這樣的症狀，主要見於免疫功能低下嬰幼兒或嚴重營養不良或有其它感染的兒童，成人罕見。原發感染消退後，病毒可持續潛居體內。正常人中約有半數以上爲本病毒的攜帶者，可通過口、鼻分泌物而成爲傳染源，由於hsv在人體中不產生永久免疫力，故每當機體抗病能力減退時，如患某種發熱性傳染病，胃腸功能紊亂、月經、妊娠、病竈感染、過度疲勞、情緒環境改變時，體內潛伏的hsv即被激發而發病。
生殖器皰疹的初期症狀不是很明顯，潛伏期是1-45天，平均爲6天，hsv-1感染主要發生於口角、脣緣、鼻孔等皮膚粘膜交界處，亦可見顏面或口脣，開始局部先有灼癢及輕度緊張感，偶有伴發神經痛。
