1.甲亢性心臟病
甲亢性心臟病是指甲亢患者出現心律失常、或是心臟擴大、或是心力衰竭者，以病史較久未能良好控制者和老年甲亢多見。本病除有典型甲亢臨牀表現外，其常有心悸、呼吸困難、心前區疼痛、過早搏動（早搏）或陣發性房顫，甚至出現持久性房顫。治療主要是控制好甲亢，如果出現心衰、心律失常可以對症處理，甲亢控制好後一般可以完全恢復正常。
2.甲亢性突眼
甲亢性突眼可與甲亢同時發生，也可以出現在甲亢之前或好轉以後。眼病的嚴重程度和甲亢多數不平行，有些病人甲亢不明顯，眼病卻很嚴重。可分爲非浸潤性突眼和浸潤性突眼。前者表現爲眼裂增寬、眼瞼後縮、凝視、眨眼減少及輕度突眼；後者可表現爲過度流淚、怕光、眼部腫痛、刺痛、異物感，眼睛不能閉合、結膜水腫及充血、眼眶內組織水腫、眼球活動受限，視物成雙、視野缺損、視力減退，甚至失明。對於良性突眼不需特殊治療，僅治療甲亢即可。浸潤性者在用抗甲狀腺藥物治療的同時，可使用腎上腺糖皮質激素治療，少數需用眼部放射治療或眼部手術治療。不論採用哪種治療，治療期做好眼部護理是很重要的，眼部護理包括睡眠時擡高牀頭，外出時戴太陽鏡以避光防塵，滴眼藥、塗眼膏或戴眼罩等。
3.慢性甲亢性肌病
本病較多見，可發生於80%的甲亢患者，起病較慢。病人常訴說蹲下、起立、上樓及梳頭動作困難。治療方法主要是治療甲亢，除對症處理外，尚無特殊治療方法。一般可以隨着甲亢病情的緩解而減輕。
4.甲亢合併週期性麻痹
本病多發生在男性青壯年身上，發作時常伴血鉀過低，高碳水化合物飲食可誘發本病，常在半夜發作。主要表現爲四肢及軀幹發作性軟癱，以下肢癱瘓更爲常見，嚴重時可有呼吸肌麻痹，伴有腱反射消失，發作可持續數小時至數日，發作頻數個體差異很大。本病可能與鉀由細胞向細胞內轉移有關。治療主要是補鉀治療，對於以前沒有甲亢病史的患者，如果發生了低鉀導致的癱瘓，一定要明確是否存在甲亢。
5.甲亢危象
甲亢危象常見於甲亢病情長期未控制者，以老年人較多見。常與感染、精神創傷、手術、分娩、勞累過度、突然停藥等有關。主要表現爲高熱或超高熱（常高於40℃）、脈率增快（常高於160次/分）、煩躁、噁心、嘔吐、腹瀉、大汗、興奮和顫抖，甚至意識朦朧、昏迷。本病可危及生命，死亡率較高，應以預防爲主，一旦發現應積極治療。治療原則是用藥抑制甲狀腺激素的生成及分泌，降低腦及周圍組織對甲狀腺激素的反應和一般對症處理。
6.血白細胞減少
甲亢本身，由於末梢血管的擴張，或甲狀腺激素對骨髓的影響，可以出現末梢血中白細胞相對或絕對的數量減少，臨牀可見血清白細胞在正常值的低限，在治療後，隨着甲亢病情的好轉可上升到正常水平。
7.其它併發症
重症肌無力、惡性貧血、白癜風、Addison病、糖尿病、斑禿、類風溼關節炎、腎小球腎炎、硬皮病、紅斑狼瘡、乾燥綜合徵、特發性血小板減少性紫癜、其與自身免疫性甲狀腺炎，其與自身免疫性甲狀腺疾病伴隨的疾病不完全相同。這些併發症在臨牀上均不常見。
