治療原則是手術解除膽管梗阻，減壓膽管和引流膽道。但在疾病早期，尤如急性單純性膽管炎，病情不太嚴重時，可先採用非手術方法。
約有75%左右的病人，可獲得病情穩定和控制感染。而另25%病人，對非手術治療無效，並由單純性膽管炎發展成急性梗阻性化膿性膽管炎，應及時改用手術治療。
非手術治療包括解痙鎮痛和利膽藥物的應用，其中50%硫酸鎂溶液常有較好的效果，用量爲30～50ml一次服用或10ml日3次;胃腸減壓也常應用;大劑量廣譜抗生素的聯合應用很重要，雖在膽管梗阻時膽汁中的抗生素濃度不能達到治療所需濃度，但它能有效治療菌血症和敗血症，常用的抗生素有慶大黴素，氯黴素，先鋒黴素和氨卞青黴素等。
最終還須根據血或膽汁細菌培養以及藥物敏感試驗，再調整合適的抗生素。如有休克存在，應積極抗休克治療。如非手術治療後12～24小時病情無明顯改善，應即進行手術。即使休克不易糾正，也應爭取手術引流。對病情一開始就較嚴重，特別是黃疸較深的病例，應及時手術。
手術死亡率仍高達25～30%。手術方法應力求簡單有效，主要是膽管切開探查和引流術。應注意的是引流管必須放在膽管梗阻的近側，在梗阻遠側的引流是無效的，病情不能得到緩解。如病情條件允許，還可切除炎症的膽囊，待病人渡過危險期後，再徹底解決膽管內的病變。
