1、胃腸系統
以口腔和食管的念珠菌及皰疹病毒和鉅細胞病毒感染較爲常見，表現爲口腔炎、食管炎或潰瘍。主要症狀爲吞嚥疼痛和胸骨後燒灼感，診斷依靠食管鏡。病人胃腸粘膜常受皰疹病毒、隱孢子蟲、鳥分支桿菌和卡氏肉瘤的侵犯。臨牀表現爲腹瀉和體重減輕。
2、眼部
艾滋病患者眼部受累較爲廣泛，但常被忽略。常見的有鉅細胞病毒性視網膜炎，弓型蟲視網膜脈絡膜炎，眼底棉絮狀白斑，後者常爲鉅細胞病毒感染所致，眼部卡氏肉瘤常侵犯眼瞼、瞼板腺、淚腺和結膜、虹膜等。
3、肺部
儘管多種病原體可引起艾滋病病人的肺部感染，但必須是70-80%的患者可經歷一次或多次肺孢子蟲肺炎。在艾滋病因機會性感染而死亡的病例中，約一半死於肺孢子蟲肺炎，因此必須及時診斷、預防和治療。其臨牀表現主要是慢性咳嗽及短期發熱，呼吸急促和紫紺，動脈血氧分壓降低。此外鉅細胞病毒、結核桿菌、鳥分支桿菌、念珠菌和隱球菌等均常引起肺部感染。卡氏肉瘤也常侵犯肺部。發展中國家以結核桿菌和鳥分支桿菌感染多見。
4、神經系統
本病出現神經系統症狀者可達30%-70%。其中包括：① 機會性感染：如腦弓型蟲病、隱球菌腦膜炎、進行性多病竈腦白質炎、鉅細胞病毒腦炎和格林-巴利綜合徵。②機會性腫瘤：如原發中樞淋巴瘤和轉移性淋巴瘤。③HIV感染：艾滋病癡呆綜合徵，無菌性腦膜炎等。
5、皮膚粘膜
卡氏肉瘤常侵犯下肢皮膚和口腔粘膜，表現爲紫紅色或深藍色浸潤斑或結節，可融合成大片狀，表面出現潰瘍並向四周擴散。其他常見的有念珠菌口腔感染，口腔毛狀白斑表現爲舌的兩側邊緣有粗厚的白色突起，已證實是乳頭瘤病毒、皰疹病毒等感染所致。此外外陰皰疹病毒感染、尖銳溼疣等均較常見。
