手術切除是胃癌的主要根治方法。但如果病人有嚴重疾病，不能耐受手術，或因高齡不願手術者，可在內鏡下治療。隨着內鏡技術的發展，治療內容豐富多樣，原來一些傳統外科方式，正在逐步被取代。目前已可在內鏡下通過局部注射、電灼、激光、微波等清除癌竈，早期胃癌可達到根治的目的。晚期病人通過內鏡治療亦可達到改善症狀，提高持活質量，延長生存的目的。
所謂早期胃癌是指侷限的，只侵及粘膜層和（或）粘膜下層的胃癌。由於癌腫生長表淺，病竈較小，可以局部注射無水酒精或5-氟脲嘧啶，使腫瘤病竈局部壞死而達到治療目的。一般5-氟脲嘧啶250毫克，每週一次，直到腫瘤消失活檢陰性。還可應用高頻電凝或圈套摘除病竈，或應用激光和微波治療使病類碳化、汽化或凝固壞死，而達根治的效果。
胃癌組織浸潤到肌層、漿膜層或漿膜外者屬中晚期胃癌，通常稱爲進展期胃癌。由於進展期胃癌病人並非都能行手術治療，或由於病變廣泛，已有轉移，或由於病人全身情況差或有其他病，難以耐受手術，即使已行切除手術者術後也有復發者，這些病人常因癌腫增長致阻塞腔道和出血。如胃底癌可侵及賁門和食管致食道梗阻，胃竇癌可致幽門梗阻等。內鏡局部治療不需全身麻醉，全身反應減少，在直視下進行治療對病竈具有直接有效、副作用小的特點。因此在全身化療基礎上或同時加上局部化療、電灼、激光和微波等，不僅可提高生存率，而且對幽門、賁門梗阻及癌竈出血等病變進行有效的姑息治療。
內鏡直視下注入高濃度抗癌乳化劑，在病竈局部滯留時間長，胃癌組織及其所屬的淋巴內藥物濃度高，日本已將內鏡直視下注射化療藥物列爲進展期胃癌的常規治療方法之一。這種治療一般分爲全身化療聯合局部化療或單用局部化療兩種。在內鏡直視下仔細觀察瞭解胃癌病竈全貌，分別對癌竈結節及癌竈與鄰近粘膜的交界處注射化療藥物，注射點儘可能散在多點兼有重點。如癌竈範圍較大，注射完畢後可對整個癌竈表現噴灑一定量的化療藥物。常用於局部化療的藥物有5-氟脲嘧啶乳劑、絲裂黴素活性炭、油性博萊黴素、阿黴素等。
由於癌腫使食道賁門、胃竇致癌性狹窄以及手術疤痕性狹窄引起的局部梗阻，可採用內鏡直視下激光、微波、電灼、高頻刀切割等方法治療，在一定程度上能解除病人痛苦，近期療效較好。對累及食管的賁門癌還可採用各種擴張器治療，擴張後在狹窄部位放置人工食管，這也是一種有較的姑息治療方法。幽門癌性梗阻病人經微波、激光、電凝局部反覆治療後，症狀往往改善，如局部聯合用化療注射，其治療效果更好。
