由於鼻咽癌的症狀特異性並不是很強，不少頸部和顱內的病變如頸部原發性腫瘤、頸淋巴結核、頸淋巴結炎、神經源性惡性腫瘤等也可能出現相類似的症狀，臨牀上應注意相互鑑別。
頸部原發性腫瘤：如惡性淋巴瘤，好發於青壯年男性。可發生於全身各組織器官的淋巴組織，但以頸部、腋窩、腹股溝、縱隔及腹部淋巴結最爲多見，尤以淺表淋巴結腫大爲顯著。當惡性淋巴瘤發生在頸部時，需與鼻咽癌相鑑別。
頸淋巴結核：好發於青少年，但其腫大的淋巴結較軟，可與周圍組織粘連成塊，觸診時可有波動感，穿刺可抽吸出乾酪樣物質。
頸淋巴結炎：可由咽部或牙齒疾病引起，多位於頜下。如中年及老年人在頸部或副神經鏈處有較硬的淋巴結時，須引起警惕，要及時排除腫瘤轉移的可能。
神經源性惡性腫瘤：主要包括神經纖維肉瘤和神經纖維瘤惡變，前者常與叢狀神經纖維瘤或神經纖維瘤同時發生，後者多由叢狀神經纖維瘤和神經纖維瘤病發生。雖然該病發生在頸部的情況比較少見，但一旦發生便會具有該病的特點即腫塊迅速生長，常向周圍組織侵犯，可出現局部疼痛，觸之腫塊質硬，患者的頸部不能活動或活動受限。需與鼻咽癌相互鑑別。
