在全世界沙眼是繼白內障之後的第二位致盲眼病。
沙眼致盲的原因就是由於沙眼對角膜的損害造成的。因爲，輕度的角膜血管翳經治療尚可退化，但嚴重的血管翳其血管壁已硬化，治療後會留下瘢痕組織，恆久不退。內翻倒睫刺激角膜上皮，引起表層點狀角膜炎和瀰漫性點狀角膜炎，導致角膜表面新生血管生長。淚液分泌減少使角膜失去光澤，繼而變得灰白混濁，角膜上皮角化，呈皮膚樣外觀。沙眼性角膜潰瘍形成後繼發細菌感染，可以引起角膜穿孔和眼球萎縮。以上這些都可能造成嚴重視力損害，導致失明。
沙眼衣原體僅侵入瞼結膜及穹窿結膜上皮細胞，但引起的病理變化則達深部組織。潛伏期約爲5～2日，通常侵犯雙眼，病人有異物感、畏光、流淚，有很多黏液或黏液性分泌物。
沙眼性炎症位於瞼結膜，開始可見小的略帶白色的圓點狀改變，大小爲0.2～2mm，稱其爲濾泡。有時尚可見到紅色點狀損害（乳頭）。在有嚴重炎症時，由於結膜水腫增厚而使血管模糊，更嚴重者可侵犯角膜而發生角膜血管翳。瞼結膜充血、水腫、粗糙、乳頭肥大增生急性症狀數週後可消退，進入慢性期，此時可無任何不適或僅感覺眼部容易疲勞。如果此時治癒或自愈，可不留瘢痕。也就是說，沙眼原發感染，愈後可不留瘢痕。但在流行地區，衛生條件差，常有重複感染。原發感染已使結膜組織對沙眼衣原體致敏，再遇沙眼衣原體時，則引起遲發超敏反應。
沙眼在慢性病程中，常有進行性發作，可能是重複感染的表現。經過多次的反覆感染，加重原有的沙眼血管翳及瘢痕形成，晚期由於受累的瞼結膜發生瘢痕嚴重，使睫毛向內倒長，即形成倒睫。內翻的睫毛摩擦角膜，致角膜損傷，加重角膜渾濁，睫毛持續地磨擦角膜引起白色瘢痕，可導致視力減退，甚至失明。除重複感染外，合併其他細菌性感染也使病情加重。
