潛伏期5～14天，雙眼患病，多發生於兒童或少期。輕的沙眼可以完全無自覺症狀或僅有輕微的刺癢，異物感和小量分泌物，重者因後遺症和併發症累及角膜，有怕光、流淚、疼痛等刺激症狀，自覺視力減退。
沙眼衣原體主要侵犯瞼結膜，最後以瘢痕形成而告終。檢查時其特徵如下：
1.血及血管模糊：由於血管擴張，結膜上皮下有瀰漫性的淋巴細胞及漿細胞等慢性炎細胞浸潤，使透明的結膜變得混濁肥厚，血管輪廓不清，呈一片模糊充血狀。
2.乳頭肥大：瞼結膜面粗糙不平，呈現無數的線絨狀小點，是由擴張的毛細血管網和上皮增殖而成。
3.濾光增生：是結膜上皮下組織在瀰漫性浸潤的基礎上，由侷限的淋巴細胞聚集而成。初發時，上瞼結膜出現散在細緻的黃白色小點，不突出於結膜表面，夾雜在肥大的乳頭之間，爲沙眼早期診斷依據之一。
4.角膜血管翳：在結膜發生病變的同時，首先角膜上緣的半月形灰白區血管網充血，發生新生血管，伸入透明的角膜上皮與前彈力層之間，各新生血管之間伴有灰白色點狀浸潤，是角膜上皮對沙眼衣原體的一種組織反應，稱爲角膜血管翳。它是沙眼早期診斷的依據之一。隨病情進展，血管翳成排向瞳孔區懸垂下來，形似垂簾，當上方血管翳向下越過瞳孔區時，角膜其他方向亦都長出血管翳向中央進行，佈滿整個角膜。細胞浸潤嚴重時，可形成肥厚的肉樣血管翳。（pannus crassus），嚴重影響視力。
5.瘢痕形成：當沙眼進行數年甚至數十年，所有炎性病變如濾泡、乳頭，將發生破潰或壞死，而逐漸被結締組織所代替，形成瘢痕，這標誌着病變已進入退行期。
沙眼的病程，因感染輕重和是否反覆感染有所不同。輕者或無反覆感染者，數月可愈，結膜遺留薄瘢或無明顯瘢痕。反覆感染者，病程可纏綿數年至數十年之久。
