有關專家說，有患者認爲，腹瀉必然是胃腸道細菌感染，因而一旦遇到腹瀉便使用抗生素來治療，引起藥物的副作用。但是，除了霍亂、痢疾和一部分由大腸桿菌感染所引起的腸炎，確實是細菌感染，治療時常常需使用抗菌藥物外，還有一些類型的腹瀉卻並非是細菌感染胃腸道所致。
其中包括腹部受涼引起腸蠕動加快；對乳品、魚、蝦及蟹等食物過敏引起腸的變態反應；腸腔內因存在大量未經消化而不能被吸收的溶質，引起高滲性腹瀉；外出旅行或遷居外地生活，由於生活環境改變使腸道正常菌羣的生活環境發生了變化，從而導致菌羣失調引起腹瀉；小兒因飲食不當，輔食增加過快過多造成腹瀉等。由於這些類型的腹瀉沒有細菌感染存在，治療方法不盡相同，使用抗菌藥物應當慎重。
專家指出，腹瀉濫用抗生素尤其是廣譜抗生素，還可能導致二重感染。因爲在正常情況下，人體的皮膚粘膜和與外界相通的腔道，如口腔、鼻、咽、腸道等處，都寄生着一定數量的細菌。這些數量繁多的細菌，與人體既相互依存又相互制約，有益無害。如腸道的正常菌羣，在食物的消化吸收過程中起着重要的促進作用，並對危害人體健康的致病菌有着強大的抑制作用，可以有效地抑制它們的生長繁殖。
