上清丸系列中成藥的主要成分大體相同，都含有黃芩、梔子、白芷、防風、荊芥等清熱、祛風、止痛的藥物。另外，“黃連上清丸”、“牛黃上清丸”、“芎菊上清丸”等所選用的連翹、菊花、桔梗、薄荷、荊芥穗等中草藥都是藥性柔和、質地較輕，作用於上焦(肺臟、上呼吸道)，具有清熱解表的作用，適合治療由上呼吸道感染所致的發熱、疼痛等病症。由於上清丸系列中成藥的性味都偏寒，可影響消化功能，所以年老體弱、消化功能不好的病人慎用，孕婦忌用。病人在服藥期間應禁用辛辣刺激食物。
“上清丸”、“黃連上清丸”、“牛黃上清丸”、“芎菊上清丸”這4種藥的功效雖大致相同，但卻各有所長。
發熱、疼痛症狀較輕，伴有大便祕結、小便赤黃的普通感冒病人適合選擇上清丸治療。黃連上清丸比上清丸增加了黃連、石膏、蔓荊子、旋覆花等成分。黃連、石膏有較強的清熱作用;蔓荊子有疏風、散熱、止痛的作用;旋覆花有消痰降氣的作用。
所以黃連上清丸適合治療疼痛較重、咳嗽痰多的中重度感冒。牛黃上清丸比黃連上清丸又增加了牛黃和冰片兩味藥。牛黃是藥物中的寒涼極品，冰片有開竅醒神的作用，所以牛黃上清丸適合治療高熱伴有昏昏沉沉甚至神志不清的重度感冒。芎菊上清丸由“川芎茶調散”加味而成，它的成分比上清丸少了有通便作用的大黃，有清下焦熱作用的黃柏，增加了有祛風止痛作用的羌活和藁本。
所以芎菊上清丸是專治上焦諸症的良藥，除了可治療感冒頭痛、咽喉疼痛之外，也可治療三叉神經痛、偏頭痛、舌咽神經痛、叢集性頭痛、癲癇性頭痛等病症。芎菊上清丸雖然也有清熱的作用，但效果不及前三種“上清丸”。因此，伴有高熱、大便祕結、小便赤黃的感冒病人，最好不要選用此藥。
