男性不育是一种病因较为复杂的疾病，据不完全统计，对临床病例的病因按照常见程度进行以下排名。
1、先天性身体缺陷
排名第一位的男性不育病因即先天性身体缺陷，以阴茎、尿道、睾丸的先天性发育异常较为常见，如隐匿性阴茎、无阴茎、尿道上裂或下裂、先天性尿道憩室、无睾症、隐睾症等。也有一部分不太常见的生殖系统病症如先天性输精管阻塞、精囊发育不全、前列腺发育不良等，是导致男性不育的一类主要病因。
2、嗜烟酗酒等不良生活习惯
研究显示，男性每天吸烟30根以上，其精子存活率只有49%，雄性激素的分泌量比不吸烟的男性要减少16%～47%。并且男性酗酒的患者，其精子活力会大大降低，这些不良影响均可引发男性不育的不良后果。
3、不良饮食习惯
男性不健康的饮食习惯，如偏食、暴饮暴食等，很容易造成体内营养搭配不均衡，导致钙、磷、锌、硒等物质大量缺失，进而影响精子的数量和质量，最终诱发男性不育的不良后果。
4、环境污染
不断恶化的生活环境使空气、水源、食物等人类生存所必须的物质受到不同程度的污染，这些污染物一旦进入男性体内，就很可能影响精子的发育，进而大大增加畸形精子的数量，使男性生育功能受到损害。
