西醫的鑑別診斷：
1．子宮內膜異位症：其痛經的特點爲繼發性並進行性加重，多發生在30～40歲的婦女。婦科檢查常於子宮直腸陷凹及子宮骶骨韌帶處捫及一個或數個觸痛性硬結書或包塊。月經期結節增大或出現新的結節。另外，直接活體組織檢查及腹腔鏡檢查，多可確診。
2．經血引流受阻所致腹痛：其腹痛特點爲有周期性，伴月經過少甚或閉經。常見於先天性陰道畸形；宮頸手術後瘢痕形成，使宮頸口狹窄甚至閉鎖；人工流產或刮宮術時操作粗暴，導致子宮頸管及宮腔粘連。通過詢問病史及婦科檢查，可明確診斷。
中醫的鑑別診斷：
1．盆腔炎：左右少腹疼痛拒按，多伴有發熱，白帶增多，不具有周期性發作的特點。
2．經行吐衄：小腹疼痛，多伴有周期性的吐衄或衄血，且經量減少或不行等。
3．異位妊娠：可有停經史，陰道有少量血，突起一側少腹撕裂樣痛，腹部檢查有明顯壓痛及反跳痛，妊免試驗陽性。
4．墮胎：有停經史和早孕反應，陰道流血和腹痛時往往可見胚胎排出，尿妊免試驗陽性或弱陽性。
