治療強直性脊柱炎可選用甲氨蝶呤和抗腫瘤壞死因子，這兩種藥物屬於免疫調製劑，在非類固醇消炎藥控制不佳，或有嚴重的周邊關節侵犯，肌腱骨頭關節以外，如眼、心、肺的侵犯，才使用這類藥物，但目前有積極用藥的趨勢，尤其對於有幼年發病患者，更需要使用這類藥物來達到控制病程的目的
甲氨蝶呤
劑量：起始劑量約爲每週5-10mg，如無不良反應，視病情加量，最大劑量最好不要超過每週15mg，一次服用副作用比較大，可分成二或三次服用。
副作用：1.過敏。2.血球數減少：各種血球（紅血球、白血球、血小板）都可能減少，剛開始使用時大約一個月就要檢查血常規，之後可減爲三個月一次。3.肝腎機能受損：應三個月檢查一次肝腎功能。4.葉酸缺乏：使用此藥時應加服葉酸。5.頭暈、頭痛。6.間質性肺炎：發生機會小。
起效時間：約1-3個月。
對生育的影響︰無論男女性，在欲生育前半年宜停用，且女性懷孕期間不建議服用。
抗腫瘤壞死因子
近年來研究出的抗腫瘤壞死因子，有依那西普、英夫利昔單抗等，對於強直性脊柱炎的治療具有良好的效果，但目前仍處於臨牀實驗階段。
沙利竇邁，肽胺哌啶酮在過去是用來治療孕吐的鎮靜劑，但因致畸胎而成爲禁藥，最近也被發現有抗腫瘤壞死因子的效果，可以治療強直性脊柱炎，也在臨牀試驗階段，欲生育的患者，不可以接受此種治療。
