甲氨蝶呤爲治療強直性脊柱炎常用藥物之一，具有較好的治療效果，但長期大量使用會帶來一系列的不良反應。患者在使用藥物時，要密切觀察自身反應，以降低藥物帶來的不良影響。
1.胃腸道損傷：患者常出現食慾減退、噁心、嘔吐、口脣潰瘍、口腔炎、咽炎、腹痛、腹瀉、消化道出血等胃腸道不適症狀，其中食慾減退最常見;偶見出血性腸炎。
2.骨髓抑制：主要表現爲白細胞和血小板的減少，導致不同程度的貧血，嚴重時可出現全血下降、皮膚或內臟出血。
3.肝功能損傷：體現在黃疸、丙氨酸氨基轉移酶、鹼性磷酸酶等增高，長期大量使用可導致肝細胞壞死、脂肪肝甚至肝硬化。
4.腎臟功能損傷：大量使用甲氨蝶呤會出現高尿酸血癥腎病，表現爲尿少、血尿、蛋白尿、氮質血癥甚至尿毒症等腎臟損傷的症狀。
5.呼吸系統損傷：患者可表現咳嗽、氣短等不適，嚴重時可出現肺纖維化或肺炎。
6.皮膚損傷：長期大量使用甲氨蝶呤可使患者皮膚髮紅，出現皮疹及瘙癢感。
7.其他損傷：患者出現脫髮;白細胞降低可誘發感染。
