緊急避孕藥有其獨特的優點，也存在一些可能發生的副作用。瞭解這些緊急避孕藥的副作用，在使用中加以注意和預防，可以充分發揮緊急避孕的作用，將其可能的避孕藥的副作用降至最低限度。以下是使用緊急避孕藥的副作用：
（1）噁心：不同的藥物發生率不同，其中米非司酮最低，爲6％～7％。噁心一般持續不超過24小時。
（2）嘔吐：不同的藥物發生率不同，左炔諾孕酮約5％，米非司酮約1％。通常認爲，與食物同時服用或睡覺前服藥可以減少噁心、嘔吐的發生率，但無確切的臨牀資料。
（3）不規則子宮出血：有些婦女用藥後會有陰道點滴出血，一般無需處理。
（4）月經改變：多數婦女月經會按時來潮，也有一部分婦女月經提前或延遲。如果月經延遲1周，應該做尿妊娠試驗，以明確是否是緊急避孕失敗。
（5）其他：乳房脹痛、頭痛、頭暈、乏力等，這些症狀一般較輕微，持續時間不超過24小時。乳房脹痛、頭痛嚴重者可用阿司匹林或其他止痛藥對症處理。
緊急避孕藥的上市無疑讓這些人鬆了一口氣。按藥品說明書，一個月內只能使用一次緊急避孕藥，但有些新婚夫婦卻往往在一個月內使用兩次，甚至更多次的緊急避孕藥。對此，醫學專家提醒大家，計劃生育是夫妻間一項“系統、長期的工程”，不應寄希望於經常使用緊急避孕藥，因爲緊急避孕藥的副作用真的太可怕了，還有超量及頻繁使用可能會給身體帶來損害。
