許多學者認爲ＣＲＦ的基本病機爲本虛標實。正虛包括氣、血、陰、陽的虛損，實邪有溼濁、瘀血和痰，可伴有水停爲患，有時兼夾外邪。其演變過程，往往因實致虛，繼而在虛的基礎上又產生實邪。
（１）情志所傷：
長期情志不舒，憂思恚怒，肝失疏泄，肝氣鬱結，三焦氣機不暢，一則橫逆而克脾土，肝脾不和，脾失健運，水溼氾濫；一則氣機阻滯，氣血運行不利，可發生氣滯血瘀，或肝鬱日久，鬱而化火，肝火灼傷腎陰，導致肝腎陰虛。
（２）失治誤治：
如在原發病治療中，治不得當，遷延日久；或妄投苦寒傷中敗胃之品，脾失健運，脾陽虛弱，傷及腎陽；或妄投辛熱，傷津耗陰，腎陰虧損，進一步導致氣陰不足；或只注意腎外疾病的治療，而忽視了對腎臟的調理，造成腎氣損傷；或用有毒藥物傷及脾腎，致使脾失健運，腎失氣化，水溼阻滯，濁毒內生。由於陰陽互根，脾腎氣虛或脾腎陽虛必然要陽損及陰，形成氣陰兩虛或陰陽兩虛的局面。同時脾腎虛損也要波及肺、肝、心三髒。肝腎陰虛者，也會逐漸陰損及陽，形成氣陰兩虛或陰陽兩虛的局面。肝腎虧損必然波及肺、脾、心三髒，與脾腎兩虛的結果相同，最後五臟俱衰。外邪、水氣、溼濁、瘀血等實邪由臟腑虛損發展而成，但一旦停蓄留滯爲患，又會反過來影響正氣的升降出入，加速原來虛證的發展，因此實邪雖屬標證，卻是導致疾病惡性循環的關鍵。綜上所述，ＣＲＦ的病機錯綜複雜，虛實並見，陰陽失調，寒熱交錯，病位廣泛，可涉及五臟和胃、腸、三焦、膀胱等多個臟腑。其中脾腎衰敗，溼濁水毒瀦留是病機關鍵。
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（３）飲食不節：
飲食不節包括暴飲暴食、長期飢餓、偏食、飲酒過度等，都會損傷脾胃，使其消磨水谷、化生精微、生養氣血功能受到影響。若脾胃長期受損，必致氣血來源不足，後天無以充養先天，故腎臟亦損；腎傷則腰府失養，水之氣化不利，故見腰痛、水腫等症；另外，脾胃虛損，飲食不化精微，反爲溼濁。溼濁壅塞三焦，正氣不得升降，而見嘔吐不止和小便閉塞不通。
（４）外邪侵襲：
腎病久治不愈，臟腑功能下降，氣血陰陽虛衰，衛外無力，易遭外邪侵襲。或爲風邪所傷，肺氣不宣，治節失職，不能通調水道，下輸膀胱，三焦不利，溼濁阻滯，傷及脾土；或因素體中陽不足，風寒冷氣乘虛侵入胃腸，寒實搏結中焦，使胃失和降，胃氣上逆，阻抑小腸，不能分清泌濁；或因痰溼內盛，邪熱入裏，肺熱壅盛，痰熱搏結，阻塞肺絡而致氣喘不能臥；或因居處潮溼，涉水冒雨，水溼內侵，阻滯中焦，脾失健運，氣血化源不足，水溼困阻脾陽，甚或脾損及腎，脾腎陽虛，水溼濁邪不得運化，阻滯氣機變生諸證。
（５）煩勞過度：
長期從事重體力勞動，疲勞過度則損傷脾腎；酒色過度，早婚多育，損傷腎氣，腎陽不足，命門火衰，火不暖土，脾腎兩虛。脾虛則嘔惡不食，腎虛則不能化氣行水，溼濁瀰漫，波及他髒，最後五臟俱敗。
